{"id":4916,"date":"2022-10-27T03:15:20","date_gmt":"2022-10-27T01:15:20","guid":{"rendered":"https:\/\/mribeirodantas.xyz\/blog\/?p=4916"},"modified":"2022-10-27T18:54:05","modified_gmt":"2022-10-27T16:54:05","slug":"nextflow-e-nf-core-novidades-quentinhas","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/mribeirodantas.xyz\/blog\/index.php\/pt\/2022\/10\/27\/nextflow-e-nf-core-novidades-quentinhas\/","title":{"rendered":"Nextflow e nf-core: Novidades quentinhas!"},"content":{"rendered":"Reading time: <\/span> 7<\/span> minutes<\/b><\/span><\/span>\n

Leia a vers\u00e3o em ingl\u00eas clicando aqui<\/a>.<\/p>\n\n\n\n

Escrevo esse post<\/em> ainda em terras Espanholas, na cidade de Barcelona. Para quem n\u00e3o tem me acompanhado nas redes sociais, ap\u00f3s concluir o doutorado na Fran\u00e7a em Julho fui direto \u00e0 Barcelona para realizar a semana de onboarding<\/em> na Seqera Labs<\/a>, empresa que me contratou<\/a> para ser o Developer Advocate<\/em> do Nextflow<\/a> e do nf-core<\/a> para a regi\u00e3o da Am\u00e9rica Latina \ud83c\udf0e. Ap\u00f3s pouco mais de uma semana, dirigi-me para a cidade onde escolhi morar: Natal, Rio Grande do Norte, no Brasil \ud83e\udd70<\/p>\n\n\n\n

O Nextflow \u00e9 tanto uma linguagem para implementa\u00e7\u00e3o de fluxos de trabalho, workflows<\/em>, quanto um software para gerenciar a execu\u00e7\u00e3o desses workflows<\/em> ou pipelines<\/em>. O nf-core, por sua vez, \u00e9 uma comunidade que surgiu para fazer a curadoria de pipelines de bioinform\u00e1tica e tamb\u00e9m trabalhar boas pr\u00e1ticas para o desenvolvimento, manuten\u00e7\u00e3o e uso desses pipelines. Hoje, participo do core team<\/em> do nf-core, composto por indiv\u00edduos com maior grau de envolvimento e responsabilidade na comunidade. Mas se eu retornei a Natal ap\u00f3s a semana de onboarding<\/em>, o que estou fazendo em Barcelona agora!? \u00c9 sobre isso que esse post<\/em> ir\u00e1 falar, fazendo uma retrospectiva dos \u00faltimos 30 dias que foram incr\u00edveis e resultado de muita dedica\u00e7\u00e3o de dezenas e dezenas de pessoas!<\/p>\n\n\n\n

N\u00e3o posso mentir. \u00c9 \u00f3bvio que estou contando as horas para voltar para casa, at\u00e9 porque meu v\u00f4o foi cancelado e precisarei ficar mais dois dias em Barcelona \ud83d\ude05. Ao mesmo tempo, a sensa\u00e7\u00e3o de gratid\u00e3o e alegria n\u00e3o tem limites! Os \u00faltimos 30 dias foram incr\u00edveis! Que comunidade! No final de Setembro, o core team<\/em> do nf-core se reuniu em Estocolmo na Su\u00e9cia para discutir diversos temas, tocando quest\u00f5es importantes desde a ger\u00eancia do projeto em si at\u00e9 temas t\u00e9cnicos como gerenciamento de subworkflows<\/em> e suporte a outros recursos da vers\u00e3o 2 da DSL (Domain Specific Language<\/em>) do Nextflow, como plugins<\/em>.<\/p>\n\n\n\n

Evidentemente, tamb\u00e9m foi um momento de muita integra\u00e7\u00e3o e divers\u00e3o. Que pessoas fant\u00e1sticas! Conhecer pessoalmente algumas das pessoas que trabalho e converso diariamente online<\/em> foi a cereja do bolo!<\/p>\n\n\n\n

\nhttps:\/\/twitter.com\/nf_core\/status\/1573344245964054529?s=20&t=gFDAW98P4DyKw_FwHPyhbw\n<\/div><\/figure>\n\n\n\n

No in\u00edcio de Outubro, tivemos tr\u00eas treinamentos de Nextflow e nf-core online e gratuitos<\/a>, em tr\u00eas fuso hor\u00e1rios diferentes, onde 890+ pessoas em 60 pa\u00edses diferentes se inscreveram. Que sucesso! Fui o respons\u00e1vel pelo treinamento nas Am\u00e9ricas e fiquei muito satisfeito com o resultado! Gra\u00e7as a pessoas incr\u00edveis como Robert Syme<\/a> e Ben Sherman<\/a>, entre outros, que simultaneamente respondiam d\u00favidas enquanto eu ministrava o treinamento, tudo correu super bem! J\u00e1 nos outros fuso hor\u00e1rios, dei o mesmo suporte para colegas que ministravam o treinamento como o Abhinav Sharma<\/a> (era manh\u00e3 no Brasil, ent\u00e3o tudo bem) e o Chris Hakkaart<\/a> (esse treinamento come\u00e7ava \u00e0s 00h00 no Brasil \ud83d\ude05).<\/p>\n\n\n\n

Os participantes da Europa, \u00c1frica e Oriente M\u00e9dio (EMEA), particularmente, me surpreenderam com o entusiasmo na participa\u00e7\u00e3o! Respondi mais d\u00favidas e resolvi mais problemas durante esses treinamentos do que nos 2 meses anteriores combinados! E os treinamentos duraram apenas 3 dias \ud83e\udd2f Em diversos sentidos foram marcos nessa minha caminhada na comunidade, como a cent\u00e9sima pergunta t\u00e9cnica que respondi no Slack que ocorreu durante o treinamento \ud83e\udd13<\/p>\n\n\n\n

Poucos dias depois, eu j\u00e1 estava em Barcelona para o Hackathon do nf-core onde 50+ pessoas de diversos pa\u00edses participaram presencialmente e 230+ remotamente. Liderei com o Abhinav Sharma<\/a> e a Franziska Bonath<\/a> o time de documenta\u00e7\u00e3o. Que experi\u00eancia! Como esperado, nosso time concentrava um maior n\u00famero de iniciantes, mas isso n\u00e3o nos impediu de arrega\u00e7ar as mangas e contribuir \ud83e\udd73<\/p>\n\n\n\n

Durante os tr\u00eas dias do Hackathon, o time de documenta\u00e7\u00e3o abriu mais de 50 Pull Requests<\/em>, tendo 48 sido finalizados e mergeados ao final. Foi muito legal a integra\u00e7\u00e3o de quem estava presencialmente com os outros times durante o evento, assim como a participa\u00e7\u00e3o de quem esteve de forma virtual. Inclusive, o participante com o maior n\u00famero de contribui\u00e7\u00f5es do nosso grupo estava online! Abaixo, algumas estat\u00edsticas do Hackathon apresentadas pelo Phil Ewels<\/a>, Lead Developer Advocate<\/em> na Seqera Labs e co-fundador do projeto nf-core.<\/p>\n\n\n\n

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Estat\u00edsticas gerais de todos os times<\/figcaption><\/figure>\n\n\n\n
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N\u00famero de issues<\/em> criados no GitHub por autor (eu sou o mribeirodantas<\/em>)<\/figcaption><\/figure>\n\n\n\n
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N\u00famero de Pull Requests<\/em> abertos e\/ou mergeados por autor (eu sou o mribeirodantas<\/em>)<\/figcaption><\/figure>\n\n\n\n

Minha tarefa, enquanto um dos coordenadores do time, al\u00e9m de gerenciar a atividade, era achar problemas, criar issues<\/em> para eles, ajudar as pessoas a resolv\u00ea-los, e ent\u00e3o revisar\/mergear as contribui\u00e7\u00f5es. Todo mundo querendo contribuir, resolvendo as issues<\/em>, muita participa\u00e7\u00e3o, foi super legal! Eu queria resolver alguns issues<\/em>? Claro! Mais foi muito mais gostoso ver pessoas que \u00e1s vezes nunca tinham usado Git, usando pela primeira vez e conseguindo fazer contribui\u00e7\u00f5es para um projeto open source<\/em>. Pelos gr\u00e1ficos, d\u00e1 para ver que eu estava o tempo todo abrindo\/fechando issue<\/em>, revisando e margeando pull requests<\/em> \ud83d\ude06 Abaixo, algumas fotos desses dias incr\u00edveis \ud83e\udd73<\/p>\n\n\n\n

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Ao final do Hackathon, quase todo mundo se reuniu em uma competi\u00e7\u00e3o de cozinha (por isso os aventais!) patrocinada pela turma da Amazon AWS<\/a>. Descrever essa atividade n\u00e3o faz jus a divers\u00e3o que foi participar dela. Uma del\u00edcia de atividade \ud83d\ude2c<\/p>\n\n\n\n

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Competi\u00e7\u00e3o culin\u00e1ria!<\/figcaption><\/figure>\n\n\n\n

Acha que parou por a\u00ed?\ud83d\ude05 N\u00e3o! O final do Hackathon marcou o in\u00edcio do NextflowSummit 2022<\/a>, tamb\u00e9m em Barcelona. Ter presenciado o evento se desenrolando como ideia l\u00e1 atr\u00e1s, acontecendo, e principalmente refletir sobre tudo que aconteceu agora que terminou, \u00e9 uma experi\u00eancia \u00fanica! Esse evento ficou para a hist\u00f3ria! Conheci pessoas incr\u00edveis, e o conte\u00fado foi de alt\u00edssima qualidade. Palestras de representantes da Amazon, Google, Microsoft, Seqera Labs, Quilt Data, Illumina, Nanopore, entre outras empresas, foi muito enriquecedor. O evento foi gravado e pode ser assistido no YouTube clicando aqui<\/a>.<\/p>\n\n\n\n

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Palestra de abertura com Dr. Evan Floden, CEO e co-fundador da Seqera Labs.<\/figcaption><\/figure>\n\n\n\n

O evento contou com centenas de pessoas presencialmente, e muito mais online. Voc\u00eas podem conferir a programa\u00e7\u00e3o aqui<\/a> e ter um gostinho do que tanto rolou! Al\u00e9m de ter participado da organiza\u00e7\u00e3o, fui convidado pela Saba Nafees<\/a> do Chan Zuckerberg Biohub<\/a> para participar junto a ela e a Dra. Alison Meynert<\/a> da University of Edinburgh de um painel com o t\u00edtulo “From sharing our journeys to empowering the community: Nextflow & beyond”.<\/p>\n\n\n\n

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Foto tirada durante o painel.<\/figcaption><\/figure>\n\n\n\n
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Momento do painel onde eu falava sobre a comunidade na Am\u00e9rica Latina.<\/figcaption><\/figure>\n\n\n\n

O painel pode ser assistido na grava\u00e7\u00e3o do YouTube aqui<\/a>.<\/p>\n\n\n\n

Durante o Summit, houve uma noite social onde todos fomos para um restaurante… Que na verdade era uma boate \ud83e\udd2f Come\u00e7amos jantando sushi, algumas entradas, pratos bem deliciosos, e de repente as mesas sa\u00edram e deram lugar a pista de dan\u00e7a. Foi no Shoko<\/a> em Barcelona e como podem ver pela imagem abaixo, a decora\u00e7\u00e3o foi bem a cara do Nextflow!<\/p>\n\n\n\n

\"\"<\/figure>\n\n\n\n

Ao fim do evento, enquanto os participantes partiam para o descanso, n\u00f3s da Seqera Labs embarc\u00e1vamos em uma nova aventura: O retiro anual da Seqera Labs. O Hackathon do nf-core e o Nextflow Summit foram excelentes oportunidade para que os colaboradores da empresa, espalhados pelos continentes, se encontrassem e se conhecessem melhor, mas o foco ali n\u00e3o era esse. Foi no retiro, pr\u00f3ximo a Barcelona, que pudemos realmente nos integrar melhor e nos reunir, atrav\u00e9s de diversas atividades, para refletir sobre o caminho que foi percorrido at\u00e9 agora e como realizar os objetivos que temos pra os pr\u00f3ximos anos.<\/p>\n\n\n\n

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\"\"<\/figure>\n\n\n\n

Eu precisei cortar diversos par\u00e1grafos da vers\u00e3o original desse post<\/em> para n\u00e3o ficar uma leitura muito longa, afinal, acreditem em mim quando falo que esses 30 dias pareceram mais meses! Foi uma experi\u00eancia muito positiva me aproximar de colegas que eu havia apenas trocado algumas palavras online<\/em>, e celebrar pessoalmente com aqueles que j\u00e1 havia criado uma conex\u00e3o, ainda que online. Todos os epis\u00f3dios desses 30 dias foram de muito aprendizado e sou muito grato a todos que tem estado comigo nessa caminhada na ind\u00fastria que tem sido de muito aprendizado.<\/p>\n\n\n\n

E agora? Bem, felizmente, houve muito feedback positivo ap\u00f3s cada um desses eventos que mencionei nesse post. J\u00e1 estamos com diversas atividades em andamento\/planejamento que foram influenciadas pelo feedback que recebemos, tanto ap\u00f3s o painel, como ap\u00f3s cada uma das atividades. Ainda n\u00e3o faz parte da comunidade do Nextflow e nf-core!? N\u00e3o acredito! Entra no Slack e fa\u00e7a parte dessa comunidade que est\u00e1 revolucionando o uso de workflows nas ci\u00eancias da vida \ud83e\udd73. Clique aqui<\/a> para entrar no Slack no Nextflow e aqui<\/a> para entrar no Slack do nf-core.<\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"

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