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Nextflow e nf-core: Novidades quentinhas!

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Leia a versão em inglês clicando aqui.

Escrevo esse post ainda em terras Espanholas, na cidade de Barcelona. Para quem não tem me acompanhado nas redes sociais, após concluir o doutorado na França em Julho fui direto à Barcelona para realizar a semana de onboarding na Seqera Labs, empresa que me contratou para ser o Developer Advocate do Nextflow e do nf-core para a região da América Latina 🌎. Após pouco mais de uma semana, dirigi-me para a cidade onde escolhi morar: Natal, Rio Grande do Norte, no Brasil 🥰

O Nextflow é tanto uma linguagem para implementação de fluxos de trabalho, workflows, quanto um software para gerenciar a execução desses workflows ou pipelines. O nf-core, por sua vez, é uma comunidade que surgiu para fazer a curadoria de pipelines de bioinformática e também trabalhar boas práticas para o desenvolvimento, manutenção e uso desses pipelines. Hoje, participo do core team do nf-core, composto por indivíduos com maior grau de envolvimento e responsabilidade na comunidade. Mas se eu retornei a Natal após a semana de onboarding, o que estou fazendo em Barcelona agora!? É sobre isso que esse post irá falar, fazendo uma retrospectiva dos últimos 30 dias que foram incríveis e resultado de muita dedicação de dezenas e dezenas de pessoas!

Não posso mentir. É óbvio que estou contando as horas para voltar para casa, até porque meu vôo foi cancelado e precisarei ficar mais dois dias em Barcelona 😅. Ao mesmo tempo, a sensação de gratidão e alegria não tem limites! Os últimos 30 dias foram incríveis! Que comunidade! No final de Setembro, o core team do nf-core se reuniu em Estocolmo na Suécia para discutir diversos temas, tocando questões importantes desde a gerência do projeto em si até temas técnicos como gerenciamento de subworkflows e suporte a outros recursos da versão 2 da DSL (Domain Specific Language) do Nextflow, como plugins.

Evidentemente, também foi um momento de muita integração e diversão. Que pessoas fantásticas! Conhecer pessoalmente algumas das pessoas que trabalho e converso diariamente online foi a cereja do bolo!

No início de Outubro, tivemos três treinamentos de Nextflow e nf-core online e gratuitos, em três fuso horários diferentes, onde 890+ pessoas em 60 países diferentes se inscreveram. Que sucesso! Fui o responsável pelo treinamento nas Américas e fiquei muito satisfeito com o resultado! Graças a pessoas incríveis como Robert Syme e Ben Sherman, entre outros, que simultaneamente respondiam dúvidas enquanto eu ministrava o treinamento, tudo correu super bem! Já nos outros fuso horários, dei o mesmo suporte para colegas que ministravam o treinamento como o Abhinav Sharma (era manhã no Brasil, então tudo bem) e o Chris Hakkaart (esse treinamento começava às 00h00 no Brasil 😅).

Os participantes da Europa, África e Oriente Médio (EMEA), particularmente, me surpreenderam com o entusiasmo na participação! Respondi mais dúvidas e resolvi mais problemas durante esses treinamentos do que nos 2 meses anteriores combinados! E os treinamentos duraram apenas 3 dias 🤯 Em diversos sentidos foram marcos nessa minha caminhada na comunidade, como a centésima pergunta técnica que respondi no Slack que ocorreu durante o treinamento 🤓

Poucos dias depois, eu já estava em Barcelona para o Hackathon do nf-core onde 50+ pessoas de diversos países participaram presencialmente e 230+ remotamente. Liderei com o Abhinav Sharma e a Franziska Bonath o time de documentação. Que experiência! Como esperado, nosso time concentrava um maior número de iniciantes, mas isso não nos impediu de arregaçar as mangas e contribuir 🥳

Durante os três dias do Hackathon, o time de documentação abriu mais de 50 Pull Requests, tendo 48 sido finalizados e mergeados ao final. Foi muito legal a integração de quem estava presencialmente com os outros times durante o evento, assim como a participação de quem esteve de forma virtual. Inclusive, o participante com o maior número de contribuições do nosso grupo estava online! Abaixo, algumas estatísticas do Hackathon apresentadas pelo Phil Ewels, Lead Developer Advocate na Seqera Labs e co-fundador do projeto nf-core.

Estatísticas gerais de todos os times
Número de issues criados no GitHub por autor (eu sou o mribeirodantas)
Número de Pull Requests abertos e/ou mergeados por autor (eu sou o mribeirodantas)

Minha tarefa, enquanto um dos coordenadores do time, além de gerenciar a atividade, era achar problemas, criar issues para eles, ajudar as pessoas a resolvê-los, e então revisar/mergear as contribuições. Todo mundo querendo contribuir, resolvendo as issues, muita participação, foi super legal! Eu queria resolver alguns issues? Claro! Mais foi muito mais gostoso ver pessoas que ás vezes nunca tinham usado Git, usando pela primeira vez e conseguindo fazer contribuições para um projeto open source. Pelos gráficos, dá para ver que eu estava o tempo todo abrindo/fechando issue, revisando e margeando pull requests 😆 Abaixo, algumas fotos desses dias incríveis 🥳

Ao final do Hackathon, quase todo mundo se reuniu em uma competição de cozinha (por isso os aventais!) patrocinada pela turma da Amazon AWS. Descrever essa atividade não faz jus a diversão que foi participar dela. Uma delícia de atividade 😬

Competição culinária!

Acha que parou por aí?😅 Não! O final do Hackathon marcou o início do NextflowSummit 2022, também em Barcelona. Ter presenciado o evento se desenrolando como ideia lá atrás, acontecendo, e principalmente refletir sobre tudo que aconteceu agora que terminou, é uma experiência única! Esse evento ficou para a história! Conheci pessoas incríveis, e o conteúdo foi de altíssima qualidade. Palestras de representantes da Amazon, Google, Microsoft, Seqera Labs, Quilt Data, Illumina, Nanopore, entre outras empresas, foi muito enriquecedor. O evento foi gravado e pode ser assistido no YouTube clicando aqui.

Palestra de abertura com Dr. Evan Floden, CEO e co-fundador da Seqera Labs.

O evento contou com centenas de pessoas presencialmente, e muito mais online. Vocês podem conferir a programação aqui e ter um gostinho do que tanto rolou! Além de ter participado da organização, fui convidado pela Saba Nafees do Chan Zuckerberg Biohub para participar junto a ela e a Dra. Alison Meynert da University of Edinburgh de um painel com o título “From sharing our journeys to empowering the community: Nextflow & beyond”.

Foto tirada durante o painel.
Momento do painel onde eu falava sobre a comunidade na América Latina.

O painel pode ser assistido na gravação do YouTube aqui.

Durante o Summit, houve uma noite social onde todos fomos para um restaurante… Que na verdade era uma boate 🤯 Começamos jantando sushi, algumas entradas, pratos bem deliciosos, e de repente as mesas saíram e deram lugar a pista de dança. Foi no Shoko em Barcelona e como podem ver pela imagem abaixo, a decoração foi bem a cara do Nextflow!

Ao fim do evento, enquanto os participantes partiam para o descanso, nós da Seqera Labs embarcávamos em uma nova aventura: O retiro anual da Seqera Labs. O Hackathon do nf-core e o Nextflow Summit foram excelentes oportunidade para que os colaboradores da empresa, espalhados pelos continentes, se encontrassem e se conhecessem melhor, mas o foco ali não era esse. Foi no retiro, próximo a Barcelona, que pudemos realmente nos integrar melhor e nos reunir, através de diversas atividades, para refletir sobre o caminho que foi percorrido até agora e como realizar os objetivos que temos pra os próximos anos.

Eu precisei cortar diversos parágrafos da versão original desse post para não ficar uma leitura muito longa, afinal, acreditem em mim quando falo que esses 30 dias pareceram mais meses! Foi uma experiência muito positiva me aproximar de colegas que eu havia apenas trocado algumas palavras online, e celebrar pessoalmente com aqueles que já havia criado uma conexão, ainda que online. Todos os episódios desses 30 dias foram de muito aprendizado e sou muito grato a todos que tem estado comigo nessa caminhada na indústria que tem sido de muito aprendizado.

E agora? Bem, felizmente, houve muito feedback positivo após cada um desses eventos que mencionei nesse post. Já estamos com diversas atividades em andamento/planejamento que foram influenciadas pelo feedback que recebemos, tanto após o painel, como após cada uma das atividades. Ainda não faz parte da comunidade do Nextflow e nf-core!? Não acredito! Entra no Slack e faça parte dessa comunidade que está revolucionando o uso de workflows nas ciências da vida 🥳. Clique aqui para entrar no Slack no Nextflow e aqui para entrar no Slack do nf-core.